Calleja, descartado por Felipe en verano y elegido ahora para salir de la crisis

Felipe Miñambres propuso

para intentar corregir la pésima racha del equipo que él mismo ha confeccionado. Curiosamente, Miñambres

. Contó entonces con el beneplácito del consejo y del presidente del club, Quico Catalán, que confiaron en la elección de Miñambres y que vuelven a hacerlo ahora después de su

Felipe recurre a Calleja, que tampoco tiene experiencia en Segunda división pero que al menos demostró en Vila-real y en Vitoria que puede sacar partido a los equipos que entrena. Tras foguearse en el filial amarillo, cogió el primer equipo en sustitución de Fran Escribá en la séptima jornada de Liga del curso 17-18. Siguió al frente del Villarreal hasta que fue despedido en diciembre de 2018 para luego ser repescado sólo una semanas después tras el frustrado intento de Luis García por mejorar las prestaciones del equipo presidido por Fernando Roig. Luego continuó en la temporada 19-20 pero el Villarreal se decantó por fichar a Unai Emery.

Con el Deportivo Alavés logró evitar el descenso en el tramo final de la temporada 20-21 con cuatro victorias y tres empates en las últimas nueve jornadas del campeonato. Sin embargo, en diciembre de 2021 fue despedido del club vitoriano. Calleja, como confirmó Miñambres al acabar el partido ante el CD Leganés, firma hasta final de temporada y un año más en caso de lograr el ascenso a Primera división.